Nato a Oleggio (NO). Lavora come trapanista meccanico ed è socio della cooperativa edile Sassetti di Milano, dove risiede in via Volturno 34. 

Antifascista appartenente alle formazioni clandestine milanesi, viene arrestato, in data non determinata, con il fratello Antonio e rinchiuso a San Vittore, cella 119, VI raggio.

Il 27 aprile 1944 viene portato al campo di Fossoli e successivamente a Bolzano. Il 5 agosto viene trasferito a Mauthausen dove arriva il 7 agosto: numero di matricola 82306. Categoria Schutzäftlinge (deportato per motivi di sicurezza). Mestiere dichiarato: trapanista meccanico. Viene successivamente trasferito a Gusen (Mauthausen).

Muore il 8.11.1944 a Gusen (Mauthausen).

Il suo nome (con quello del fratello Antonio e di Carlo Scaccabarozzi) è ricordato a Milano con un monumento presente nel cortile della cooperativa Sassetti, in via Volturno 35 e in piazzale Segrino sul monumento che ricorda i caduti del quartiere Isola. 

A Oleggio (NO) una via ricorda i fratelli Cantoni.

Sul Libro dei deportati e indicato come Cantone, ma dall'archivio del Museo e memoriale di Mauthausen risulta il cognome Cantoni, che risulta anche in altre fonti.

"Il libro dei deportati", vol. 1, tomo I, pg. 464, Mursia 2009; Dario Venegoni, "Uomini, donne e bambini nel lager di Bolzano", Aned, 2005; Franco Meroni, "Il Convoglio", Mimesis, 2023;

https://anpimilano.com/memoria/partigiani-milano-e-provincia/c/cantoni-giovanni-2/; https://collections.arolsen-archives.org/en/search/person/1386125?s=cantoni%20giovanni&t=2177058&p=0.