Nata e cresciuta a Ferrara, lasciò la sua città natale intorno al 1906, a circa vent'anni, in cerca di lavoro. Si trasferì a Milano, trovando impiego presso la società di assicurazioni R.A.S. Qui venne raggiunta succesivamente dalla sorella e dai genitori.
A Milano conobbe e sposò Adolfo Penco, cattolico, che nel 1926, dopo la nascita della loro figlia Eugenia, acquistò uno studio fotografico ad Arona, sulle sponde del Lago Maggiore, trasferendovisi con tutta la famiglia.

Mercoledì 15 settembre 1943, mentre si trovava al lavoro presso lo studio del marito, Margherita Coen venne prelevata dalle SS. Secondo la testimonianza rilasciata dal marito durante il processo di Osnabrück, una decina di SS armate entrarono nel suo negozio accompagnate da un interprete: "Un soldato l'ha presa per un braccio. E' partita, è salita su una camionetta. Sulla camionetta c'era già il conte Cantoni. Nessuno li ha mai più rivisti". Secondo la testimonianza del maresciallo dei carabienieri di Arona Francesco Gino, trascorse la notte del 15 nella cella di sicurezza della locale caserma insieme ad altri ebrei. Durante la notte vennero pare trasferiti verso destinazione ignota (transitando per qualche ora, secondo una testimonianza, anche nelle carceri di Novara).

Venne assassinata probabilmente il 16 settembre 1943, come attestato da Il libro della memoria e dal testo di Toscano. Di lei non si seppe più nulla.

Aldo Toscano, L'olocausto del Lago Maggiore (settembre-ottobre 1943), Alberti, Verbania, 1993; Bollettino storico per la provincia di Novara, n.1 - 1993;  Marco Nozza, Hotel Meina, Mondadori, 1995; Liliana Picciotto, Il libro della memoria, pg. 830, Mursia, 2002; La strage dimenticata. Meina, settembre 1943. Il primo eccidio di ebrei in Italia, Interlinea, 2003; (a cura di B. Mantelli e N. Tranfaglia), Il libro dei deportati, vol. II, Mursia, 2010; Lorenzo Camocardi, Gianmaria Ottolini, Even 1943 (DVD), Verbania, 2010; Centro di documentazione ebraica contemporanea, www.nomidellashoah.it.