Sfollò a Vergiate (VA) da Milano nell’autunno del 1942 al seguito della figlia Herta Minerbi e della sua famiglia (il marito Giulio Coen Torre e le figlie Adriana e Renata), insieme alla figlia Maria Luisa.

Nel settembre 1943, subito dopo gli eccidi di ebrei avvenuti sulle sponde del Lago Maggiore, Ida Ottolenghi con tutta la sua famiglia entrò in clandestinità. Ida Ottolenghi, con le figlie Herta e Maria Luisa e le nipoti Andriana e Renata, trovò rifugio presso il convento femminile benedettino di Ronco di Ghiffa, mentre il genero Giulio venne invece ospitato in una casa proprio davanti al monastero.
Nel dicembre del 1943 Herta e Giulio Coen Torre lasciarono Ghiffa, trovarono rifugio a Trarego, nascosti e aiutati da Anna Bedone e dal marito Giovanni Ferrari.
Durante le feste di Natale i coniugi Coen Torre vennero raggiunti dalle figlie Adriana e Renata; nel giugno 1944, dopo essere state costrette a lasciare il convento in seguito a una spiata, anche Ida, Maria Luisa e Marta (sorella di Herta e Maria Luisa giunta nel frattempo, ad aprile, da Venezia) si nascosero a Trarego.
La famiglia vi rimase in clandestinità fino alla Liberazione.