Risiede con la famiglia a Possaccio, frazione di Intra, Verbania (NO) e a settembre del 1943 inizia gli studi superiori al liceo classico di Varese. Ma da ottobre, in seguito ai bombardamenti che rendono insicuri gli spostamenti, si iscrive al liceo classico privato dei Padri Marianisti di Pallanza.

Il 15 giugno 1944, in seguito al bando che a Verbania ordinava a tutti quelli nati tra il '14 e il '27 di recarsi al comando tedesco per un controllo dei documenti, si presenta con alcuni compagni di scuola e amici alle scuole femminili di via Franzosini a Intra, dove resta prigioniero dei tedeschi, assieme agli altri ragazzi, per un paio di giorni. Viene poi messo su camion e portato con loro a Torino, alle casermette di Borgo San Paolo. Lì sono raggiunti da altre persone, comprese quelle rastrellate dai tedeschi a Baveno negli stessi giorni.

Dopo una settimana circa, viene deportato, via Brennero, in Germania. A fine giugno arriva al campo di Chemnitz (nei pressi di Dresda) come lavoratore coatto e dopo pochi giorni viene trasferito a Zwickau (Flossenbürg), dove lavora nella fabbrica della Werk Audi del gruppo Auto Union che produce camion militari. Lavora nello stesso reparto di Buccella al montaggio dei serbatoi di benzina ed è in camerata con Alberto Ziviani, Stefano Raffaelli, Antonio Buccella, Franco Mondolfo, Cordero e altri 14 italiani di cui non ricorda il nome. E' testimone della morte degli ossolani Augusto Conti e Luigi Jossi, anch'essi detenuti a Zwickau.

Riesce a fuggire dal campo di Zwickau con Alberto Ziviani e Franco Mondolfo alla fine di febbraio 1945. Ai primi di marzo sono a Innsbruck e poi a Zemm am Ziller, sempre in Tirolo, dove lavorano un paio di mesi in attesa della fine della guerra. Ritorna in Italia nel maggio del 1945.

Molinari fa parte del gruppo di 86 persone deportate in Germania dal Verbano nel giugno 1944 come lavoratori coatti.
Secondo la testimonianza di Leonardo Zamana, il gruppo sarebbe stato portato da Verbania a Torino il 19 giugno 1944, mentre per Molinari si tratterebbe del 17.
Molinari fissa la partenza per la Germania tra il 25 e il 26 giugno.

Monte Marona, 15 dicembre 1942 (articolo di "bieffe"); Resistenza Unita maggio 1979 (articolo di Leonardo Zamana); Nuova Resistenza unita sett./ott. 2010 (articolo di Antonio Perovanni); Nuova Resistenza unita nov./dic. 2010 (articolo di Antonio Perovanni); Alberto Ziviani, 1944: Preludio di un dramma - 1945: Primavera di libertà, 1997/2001; Gianluigi Molinari, Da Intra a Zwickau, ed. Guardamagna, 2001; 1944; Gli 86 verbanesi deportati in Germania (a cura di Alberto Corsi), Verbania; https://www.lavorareperilreich.it/index.php/civili/show/24636.