Le operazioni di rastrellamento, dirette dal comandante SS Hans Walter Krüger, iniziano nel primo pomeriggio di mercoledì 15 settembre 1943.
Krüger si dirige alla locale caserma dei carabinieri per farsi consegnare la lista degli ebrei residenti in città. Il maresciallo in servizio Francesco Gino, pur essendo in possesso del documento, dichiara di non averne copia. Krüger ottiene quindi la lista verosimilmente in Comune.
Il conte Vittorio Angelo Cantoni Mamiani Della Rovere, cattolico di origine ebraica, viene prelevato dalla villa di famiglia, in cui abitava con la moglie Teresa Gattico, al settimo mese di gravidanza (dopo qualche settimana nasceranno due gemelli, Andrea e Gianluca) e la figlia di tre anni. L’anziana madre, Irma Finzi, anch’essa cattolica di origine ebraica, viene arrestata in serata.
Vengono quindi prelevati Margherita Coen, che si trovava nel negozio del marito fotografo Adolfo Penco, e gli ebrei di origine ungherese Clara e Tiberio Alexander Rakosi - madre e figlio - arrestati nella villetta presa in affitto.
Stessa sorte per alcuni componenti della famiglia Modiano, originaria di Salonicco: i tre fratelli Carlo Elia, Grazia e Giacomo Elia con la moglie Mary Bardavid, alloggiati presso l’Albergo Sempione (oggi Atlantic).
I nove arrestati vengono rinchiusi dalle SS nella locale caserma dei Carabinieri e durante la notte trasferiti verso destinazione ignota (transitando per qualche ora, secondo una testimonianza, anche nelle carceri di Novara) e quindi uccisi.