Lunedì 13 settembre 1943 SS tedesche accompagnate dalla guardia comunale Liberato Temporelli fanno irruzione nella villa Il Castagneto, arrestano l'ebreo Mario Luzzatto, sfollato da Milano con la famiglia e lo portano all'Hotel La Ripa, sede della 5a compagnia del primo battaglione della Leibstandarte Adolf Hitler appena arrivato sul lago Maggiore. Secondo la testimonianza di Irma Prevedini, all'epoca cuoca della famiglia Luzzatto, il giorno successivo la signora Bice si reca all’Hotel La Ripa per portare al marito il soprabito e alcuni medicinali, senza tuttavia riuscire a vederlo. La sera del terzo giorno dall'arresto di Mario Luzzatto, arriva alla villa, presidiata dalle SS, la sorella di Bice, Olga Ginesi in Bonfiglioli, preoccupata per quanto stava succedendo. Poco più tardi le SS fanno irruzione nella villa e arrestano Bice, le due sue figlie Maria Grazia e Silvia e la sorella Olga, portando anche loro all'Hotel La Ripa. Dopo gli arresti la villa Il Castagneto viene saccheggiata dalle SS: mobili, suppellettili, biancheria, indumenti e pellicce vengono caricati su un camion e portati via.
Probabilmente martedì 14 o mercoledì 15 viene prelevato da Villa Fedora Emil Serman, ricco commerciante di origine austriaca. Si era trasferito alla fine degli anni Trenta a Milano a causa della persecuzione antisemita e poi, dal giugno 1940, a Baveno per sfuggire ai bombardamenti anglo-americani. In serata le SS tornano alla villa e, dopo averla saccheggiata, arrestano il resto della famiglia: la moglie Maria Müller con la sorella Stefania, la loro madre Giulia e l’amica Sofia Czolosinska, tutte di origine polacca.
Sempre mercoledì viene arrestato un anziano rabbino e commerciante di origine lettone, Joseph Wofsi, in Italia dagli anni Venti e residente a Baveno dal 1938. Stessa sorte per la moglie, Emma Baron, sparita dopo essersi recata, qualche giorno dopo, al comando tedesco per avere notizie del marito.
Il rastrellamento si conclude con l’arresto di altre due donne.
Carla Caroglio, residente a Milano, non di origine ebraica ma forse fidanzata con un ebreo. In quei giorni risulterebbe in vacanza all'Albergo svizzero delle isole Borromee (Hotel Suisse). Il mattino del 15 settembre ha un diverbio con alcune SS e al pomeriggio viene arrestata e portata dal comandante di battaglione Hans Röhwer all’Hotel Beau Rivage. Qui viene interrogata e accusata di essere ebrea. Successivamente anche lei finisce all'Hotel La Ripa.
L'altra donna è un'anziana signora austriaca di origine polacca ed ebraica, Fanny Jette Engel. Fuggita in precedenza da Vienna a Milano, è poi sfollata, a causa dei bombardamenti, a Baveno presso l’Hotel Eden, da dove viene prelevata dalle SS nella notte tra il 14 e il 15 settembre.
In quelle notti notti vengono tutti assassinati, alcuni il giorno del loro arresto, ma la maggior parte di loro il 21 e il 22 settembre, dopo che a Baveno in una riunione tra i comandanti delle varie compagnie si era deciso di uccidere tutti gli ebrei ancora prigionieri. Gran parte delle esecuzioni avvengono probabilmente sulla spiaggia presso la villa Il Ruscello, appena fuori l’abitato di Baveno in direzione Stresa e i corpi vengono forse gettati nel lago o sepolti sulla riva.
Dopo gli eccidi il podestà Columella, affiancato da ufficiali delle SS, mette in atto una messinscena: legge alla popolazione false lettere in cui i capifamiglia rastrellati tranquillizzano sul loro destino e dichiarano di aver fatto una donazione ai poveri del paese.
Presso l’archivio storico del Comune di Baveno, registro delle “Deliberazioni del podestà” in data 20 gennaio 1945, nell’elenco delle spese sostenute dal Comune nel trimestre ottobre-dicembre 1944 è attestata una spesa di L.175 a favore di Cardini Federico per “fornitura fotografie salme rinvenute nel lago”, seguita da una spesa di L. 2.250 per “trasporto salme rinvenute nel lago”. Si tratta verosimilmente delle spoglie delle vittime dell’eccidio di Baveno.